Как оформить корректировку выполненных работ?

Добрый день, уважаемые участники форума!
Помогите пожалуйста советом.
В первом квартале этого года нами (подрядчиками) были переданы заказчику акты выполненных работ и счет-фактуры на реализацию.
У нас единый договор с разными спецификациями. В первом квартале мы подготовили и передали документы на реализацию по одной спецификации (у себя по бух учету всё провели). Во втором квартале, заказчику приспичило разбить реализацию первого квартала по двум спецификациям и предоставить корректирующую счёт-фактуру. В связи с этим мы получаем сумму уменьшения реализации из-за того, что по второй спецификации общая сумма меньше. По 1С мы корректировку составили, вопрос в том, что делать с актами выполненных работ кс-2,3, тоже корректировать? В общем не совсем понимаю как всю эту абра-кадабру закрыть документально. Или быть может целесообразно выставить счёт-фактуру исправленную?